前年の年間総合勝点1位という数字が示す通り、「優勝」の二文字を目標に掲げて臨んだシーズンである。だが、大黒柱・洪明甫の故障による長期欠場と、黄善洪の不調も重なり優勝争いからは離脱していく。チームに刺激を与えるため、6月にスティーブ・ペリマンをヘッドコーチに招聘し、西野朗監督との二頭体制を敷いた。結局1stステージ終了後に西野監督を解任し、ペリマンの監督昇格を発表する。それでも成績好転には繋がらず、2ndステージを7位で終えた。さらにこの年限りで洪明甫もレイソルを去り、一つの時代が終焉を迎えた。

成績

J1-1stステージ	8勝0分7敗／29得点･23失点／6位
J1-2ndステージ	6勝3分6敗／29得点/23失点／7位
ヤマザキナビスコカップ	決勝T：2勝1分1敗（2回戦敗退）
天皇杯	3回戦敗退
リーグ戦チーム最多得点	黄善洪（10得点）

トピックス

1.10	韓国代表MF柳相鐵ら新加入選手を発表
4.29	北嶋秀朗が自身初のハットトリックを8分間で達成
6.6	元清水監督のスティーブ･ペリマン氏のヘッドコーチ就任を発表
7.21	1stステージ終了。8勝7敗の6位
7.23	成績不振を理由に西野朗監督解任を発表
8.16	03年からの柏の葉へのホーム全面移転計画を発表
12.10	南雄太がフェアプレー個人賞受賞

この年は日韓ワールドカップがあり、Jリーグは変則日程にて行われた。チームから明神智和、黄善洪、柳想鐵がW杯に出場した。だがこの3名のW杯による消耗は大きく、2人の韓国人選手はリーグ戦再開後、わずか2試合に出場しただけでチームを去ることになる。連敗を重ねるチームは残留争いに巻き込まれ、ペリマン監督は解任された。エジウソンの再加入、マルコ･アウレリオ新監督の就任も浮上のきっかけにはならず、終始不安定な戦いを続けた。最終節、宇野沢祐次とエジウソンのゴールでG大阪戦に勝利し、J1残留を決めた。

成績

J1-1stステージ	4勝0分11敗／20得点･31失点／14位
J1-2ndステージ	6勝3分6敗／18得点･17失点／9位
ヤマザキナビスコカップ	予選L：Aグループ1勝4分1敗（2位）
天皇杯	決勝T：1回戦敗退 3回戦敗退
リーグ戦チーム最多得点	エジウソン（7得点）

トピックス

1.25	元ブラジル代表MFサンパイオらの加入を発表
6.9	W杯ロシア戦に明神智和が出場（レイソル所属選手として初のW杯出場）
7.10	エジウソンの再加入を発表
8.8	ベリマン監督を解任
8.18	マルコ･アウレリオ監督の就任を発表
9.7	柏の葉へのホームスタジアム全面移転延期を発表
11.30	最終節G大阪戦に勝利、J1残留を果たす

続投したマルコ･アウレリオ監督は若手選手を積極的に起用し、世代交代を進めて前年不振のチームからの脱却を図った。2年目の近藤直也、永田充、宇野沢祐次、ルーキーの谷澤達也、矢野貴章らはU-20日本代表に召集され、故障の矢野を除く4人はワールドユースに出場した。また、玉田圭司が大ブレイクし、11ゴールを挙げる活躍を見せる。しかし、若手が多いこともあってか、チームの不安定さは拭えず、1stステージは9位、2ndステージは11位と成績は伸びなかった。北嶋秀朗、大野敏隆というチームの顔が去ったシーズンでもあった。

成績

J1-1stステージ	6勝3分6敗／19得点･19失点／9位
J1-2ndステージ	3勝7分5敗／16得点･20失点／11位
ヤマザキナビスコカップ	予選L：Bグループ0勝3分3敗（4位で予選敗退）
天皇杯	4回戦敗退
リーグ戦チーム最多得点	玉田圭司（11得点）

トピックス

3.1	小野寺重之が代表取締役社長に就任
4.1	ホームゲームで「選手チャリティオークション」開始
6.12	大野敏隆の京都への期限付き移籍を発表
11.27	ワールドユースのU-20日本代表メンバーに、永田充、近藤直也、谷澤達也、宇野沢祐次が選出される
11.29	萩村滋則がレイソル通算500ゴールをあげる マルコ・アウレリオ監督の退任と、来季からの池谷友良スクールマスターの監督就任を発表

池谷友良を新監督に迎え、開幕2連勝と出足は快調だった。しかし、3節の新潟戦で大逆転負けを喫して以降、2度の4連敗を含む12試合勝ち星からは見放された。玉田圭司がアジアカップで日本の優勝に貢献し、2ndステージから早野宏史が監督に就任したが、1stステージから続く悪い流れは断ち切れなかった。年間順位で最下位となったが、翌年からJ1のチームが2チーム増えるという変則レギュレーションにも助けられ、入れ替え戦に回ることになる。ここで福岡に勝利。J1の意地を見せ、土壇場で踏み止まった。

成績

J1-1stステージ	3勝3分9敗／14得点･22失点／15位
J1-2ndステージ	2勝7分6敗／15得点･27失点／15位
J1･J2入れ替え戦	対アビスパ福岡　2戦2勝
ヤマザキナビスコカップ	予選L：Dグループ1勝3分2敗（3位で予選敗退）
天皇杯	4回戦敗退
リーグ戦チーム最多得点	玉田圭司（10得点）

トピックス

1.28	新体制記者発表。新スローガン「走魂宣言」発表
1.31	J昇格10周年を記念した「DECADE 柏レイソル10年史」発表
3.19	玉田圭司、永田充が2006W杯アジア予選対シンガポール戦の日本代表候補に選出
3.31	2006W杯アジア予選対シンガポール戦で、玉田が代表戦初出場
7.2	池谷友良監督の辞任、早野宏史氏の後任監督就任を発表
8.7	アジアカップ2004、玉田のゴールなどで日本が優勝
11.28	年間最下位が決定、J2リーグ3位の福岡との入れ替え戦へ
12.10	福岡との入れ替え戦2戦にいずれも勝利し、J1残留確定

前年の2ndステージから引き続き早野監督が指揮を執った。だが前年からの悪い流れはなおも続き、前半戦12試合中、無得点が6試合と極度の得点力不足に陥り下位に沈む。中盤戦以降、レイナウド、フランサという大物ブラジル人を獲得、さらにラモス瑠緯をコーチに招聘し巻き返しを図るも、27節の浦和戦で0-7という大敗を喫したのを機にチームは浮上の力を失った。16位となり前年に続く入れ替え戦へ。ホーム日立台で、甲府のバレーにダブルハットトリックを決められる悪夢の大敗。屈辱のJ2降格となった。

成績

J1リーグ	8勝11分15敗／39得点･54失点／16位
J1･J2入れ替え戦	対ヴァンフォーレ甲府　2戦2敗
ヤマザキナビスコカップ	予選L：Cグループ2勝2分2敗（2位で予選敗退）
天皇杯	5回戦敗退
リーグ戦チーム最多得点	クレーベル（8得点）

トピックス

1.24	鹿児島県さつま町でキャンプイン（～2.12）
3.1	崔成國の期限付き移籍加入発表
4.23	名古屋戦敗戦後に両チームサポーターが乱闘、当時Jリーグ史上最高額の制裁金1000万円を課せられる
6.5	初のサポーターズカンファレンスを開催
8.28	薩川了洋がJリーグ通算300試合出場を達成、レイソル在籍選手で初
8.29	（株）日立スポーツ（当時）初代社長を務めた佐藤東里氏が逝去
12.10	ヴァンフォーレ甲府との入れ替え戦に2敗、J2降格が決定
12.21	早野宏史監督辞任を受けて、来季の新監督に石崎信弘氏の就任が決定